موضع گیری امام در برابر دستگاه خلافت
امام علی بن موسى الرضا در طول مدت امامت خویش با خلافت هارون الرشید و دو فرزندش امین و مأمون معاصر بوده است؛ ده سال با سالهای آخر زمامداری هارون و پنج سال با حکومت امین و پنج سال با حکومت مأمون
امام در زمان هارون
امام رضا پس از شهادت امام کاظم امامت و دعوت خود را آشکار ساخت و بی پروا به رهبری امت پرداخت جو سیاسی جامعه در زمان هارون چنان خفقان آور بود که حتی برخی از صمیمی ترین یاران امام از این صراحت و بی پروایی او بر جانش بیمناک بودند.
صفوان بن یحیی میگوید امام رضا پس از رحلت پدرش سخنانی فرمود که ما بر جانش ترسیدیم و به او عرض کردیم مطلبی بزرگ را آشکار کرده ای ما بر تو از این طاغوت (هارون) بیمناکیم .
فرمود: هرچه میخواهد تلاش کند راهی بر من ندارد (کافی، ج ۱، ص ۴۸۷ )
محمد بن سنان میگوید در روزگار هارون به امام رضا عرض کردم: «شما خود رابه این امر امامت) مشهور ساخته اید و جای پدر نشسته اید در حالی که از شمشیر هارون خون می چکد .
فرمود: آنچه مرا بر این کار بی پروا ساخته سخن پیامبر است که فرمود: «اگرابوجهل یک مو از سر من کم کرد گواه باشید که من پیامبر نیستم. و من میگویماگر هارون یک مو از سر من کم کرد گواه باشید که من امام نیستم». (. کافی، ج ۸، ص ۲۵۷)
و همچنان شد که امام میفرمود؛ زیرا هارون هرگز فرصت نیافت خطری متوجه امام سازد و بالاخره به جهت اغتشاشاتی که در شرق ایران رخ داده بود هارون مجبور شد خود با سپاهیانش به سوی خراسان برود و در راه بیمار شد و در سال ۱۹۳ هجری در طوس مرگش فرا رسید و اسلام و مسلمین از وجود پلیدش ایمن شدند.
امام در زمان امین
پس از هارون بر سر خلافت بین امین و مأمون اختلافی سخت روی داد هارون امین را برای خلافت بعد از خود تعیین کرده بود و از او تعهد گرفته بود که پس از او مأمون خلیفه شود و نیز حکومت ایالت خراسان در زمان خلافت امین در دست مأمون باشد؛ ولی امین پس از هارون در سال ۱۹۴ هجری مأمون را از ولیعهدی خود عزل و فرزند خود موسی را نامزد این مقام کرد. (تاریخ ابن اثیر، ج ۶، ص ۲۲۷) بالاخره پس از درگیریهای خونینی که میان امین و مأمون رخ داد، امین در سال ۱۹۸ هجری کشته شد و مأمون به خلافت رسید.
امام رضا در طول این مدت از درگیریهای دربار خلافت و اشتغال آنان به یکدیگر استفاده کرد و به ارشاد و تعلیم و تربیت پیروان پرداخت.
امام در زمان مأمون
مأمون در میان خلفای بنی عباس از همه داناتر و مکارتر بود درس خوانده بود و از فقه وعلوم دیگر آگاهی داشت؛ چنانکه با برخی از دانشمندان به بحث و مناظره می نشست. البته آگاهی او از علوم روز نیز وسیله ای بود برای پیشبرد سیاستهای ضد انسانی او، وگرنه هرگز به دین و اسلام پای بند نبود؛ در عیاشی و فسق و فجور و اعمال شنیع دیگر از سایر خلفا هیچ کم نداشت نهایت آنکه از دیگر خلفا محتاط تر رفتار میکرد و با سالوس و ریا بیشتر عوام فریبی مینمود و برای استحکام پایه های حکومت خودگاه با فقها نیز همنشین میشد و از مسائل و مباحث دینی نیز سخن میگفت.
همنشینی و صمیمت و همدمی مأمون با قاضی یحیی بن اکثم که مردی رذل و کثیف وفاجر بود بهترین گواه بی دینی و فسق و رذیلت مأمون است؛ یحیی بن اکثم مردی بود که به شنیع ترین اعمال در جامعه شهرت داشت .